Juan Manuel Martínez fue acusado de haber asesinado a Bradley Roland Will, periodista independiente estadounidense, en el marco del conflicto social en Oaxaca en el 2006. Tras estar encarcelado, y un proceso de 14 meses para demostrar su inocencia, el día 30 de diciembre del 2009 la Juez Quinto de Distrito en el Estado en el Juicio de Amparo No. 941/2009, decretó que “LA JUSTICIA DE LA UNIÓN AMPARA Y PROTEGE A JUAN MANUEL MARTINEZ MORENO”.

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Su voz de denuncia y sus acciones categóricas en defensa de los derechos humanos y de los sectores marginados de la población le han valido la persecución de los sectores de derecha en Colombia. Sus afirmaciones son contundentes.

Peace Brigades International (Brigadas Internacionales de Paz-PBI) quiere expresar su profunda preocupación en relación al artículo titulado «The FARC and the ´Peace Community´» (Las FARC y la ´Comunidad de Paz´) escrito por Mary Anastasia O´Grady en el diario norteamericano The Wall Street Journal el 13 de diciembre de 2009. PBI rechaza rotundamente la afirmación de que la Comunidad de Paz de San José de Apartadó colabora con la organización guerrillera denominada Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC).