En segunda instancia, el ente acusador e investigador revocó su decisión de archivar la investigación que adelantaba en contra de Francisco Santos Calderón por su supuesta alianza con grupos paramilitares.

El vicepresidente es acusado de utilizar su cargo en el Ejecutivo para favorecer la conformación de un grupo paramilitar en Bogotá.

En ese sentido el ex comandante paramilitar Salvatore Mancuso, había asegurado que un funcionario de Ejecutivo y su primo, el ex ministro de Defensa Juan Manuel Santos, lo había instado a que conformara un bloque de ese grupo armado al margen de la ley, que habría contado con el auspicio y colaboración permanente de agentes de la Fuerza Pública.

En ese mismo sentido se había pronunciado los jefes paramilitares desmovilizados Freddy Rendón Herrera, alias ‘El Alemán' y Diego Fernando Murillo, alias ‘Don Berna', quienes habían confirmado esta versión.

En su carta de renuncia a la Ley de Justicia y Paz, alias 'Don Berna' había asegurado ser testigo de la reunión en la cual Juan Manuel y Francisco Santos Calderón le habían solicitado a Salvatore Mancuso la conformación de la aludida estructura urbana de las Autodefensas, pero que esa y otras revelaciones habían logrado ser acalladas con la extradición de los ex comandantes de las Auc a los Estados Unidos.

Pese a que la Fiscalía General de la Nación ya había dictado un inhibitorio a favor del vicepresidente de la República, la parte civil había impugnado el fallo, lo que llevó al organismo a valorar nuevamente las pruebas valoradas y, finalmente, proseguir la investigación preliminar que se había suspendido con el archivo del proceso.